ovito有linux系统下的安装包。OVITO是一款针对原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件。该程序可以在开源许可下在所有主要平台上免费使用,即支持Windows、Linux、macOS等主要平台。linux下安装ovito的方法:1、在官网下载linux版本的压缩包;2、使用tar命令解压缩;3、使用export命令设置环境变量。
本教程操作环境:linux7.3系统、Dell G3电脑。
OVITO是一种针对原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件。它帮助科学家更好地了解材料现象和物理过程。该程序可以在开源许可下在所有主要平台上使用(Windows、Linux、macOS等。)免费使用。作为分析、理解和解释模拟结果的有力工具,它在越来越多的计算模拟研究中发挥了作用。
ovito有linux系统下的安装包。官网下载https://www.ovito.org/
在linux下安装ovito
1、在官网下载linux版本的压缩包
2、解压缩即可
tar zxvf ovito-2.9.0-x86_64.tar.gz
cd ovito-2.9.0-x86_64
3、设置环境变量
export OVITO_HOME=/path/to/ovito-2.9.0-x86_64
export PATH=$OVITO_HOME/bin:$PATH
请把 /path/to/ovito-2.9.0-x86_64 改为减压后的实际路径。
在命令行中输入
which ovito
如果反馈了 ovito 路径设置完成,我们试着运行它。
ovito
如果程序启动失败,显示错误信息 ovito:/usr/lib64/libstdc .so.6 : CXABI版本.8 未找到 ,请下载这个版本 libstdc 。所以并复制两个 .so 文件 OVITO安装 lib/ovito/ 子目录。它们是必要的,因为现有的系统是必要的 libstdc 版本与OVITO二进制文件不兼容。
然后复制到相应的目录中
export OVITO_HOME=/path/to/ovito-2.9.0-x86_64
cp libstdc .so.6 $OVITO_HOME/lib/ovito
cp libstdc .so.6.0.21 $OVITO_HOME/lib/ovito
我们再次运行命令
ovito
如果界面打开成功,则表示操作成功。
如果linux环境不支持图形界面,我们可以使用 ovitos 命令以命令行方式进行图像处理。
错误报告:库库缺少nivida
在计算节点上运行 ovitos 命令时,提示缺少libnvidia-tls.so和libnvidia-glcore.so库。
这个库存在nvidia的驱动库中,我们从官网下载:传送门 (opens new window)。依次选择:Linux - x86_64 - RHEL - 6 - rpm(local) ,下载 cuda-repo-rhel6-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm 压缩包。
然后解压RPM包,找到这两个仓库
rpm2cpio cuda-repo-rhel6-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm | cpio -div
cd var/cuda-repo-7-5-local
rpm2cpio xorg-x11-drv-nvidia-libs-352.39-1.el6.x86_64.rpm | cpio -div
rpm2cpio xorg-x11-drv-nvidia-gl-352.39-1.el6.x86_64.rpm | cpio -div
cd usr/lib64/nvidia
我们可以找到它们,然后将这两个库复制到合适的位置,并添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量:
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/nvidia-lib:$LD_LIBRARY_PATH
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